停工原因是甲方，淤泥清理的費用應(yīng)該由建設(shè)單位承擔主要原因，但是施工單位沒有在大雨前做好防護也有責任

這是個典型的索賠問題。1、停工是由于甲方原因造成的，所以，甲方要承擔由于甲方原因停工的工期延期索賠；2、任何工期索賠，都必然伴隨經(jīng)濟索賠，單純的工期索賠是沒有意義的；3、合同約定，由于大風、暴雨、洪水、地震等不可抗力造成的停工損失，只順延工期，損失由總包單位自己承擔。這里的損失是指“停工期間發(fā)生的與項目管理有關(guān)的費用，例如項目管理人員的工資、工人的工資、材料的租賃費用、機械的租賃費等”，而與項目管理無關(guān)的費用，必須由甲方承擔了。就像上述淤泥清理一樣，當然，淤泥清理了，地基也要進行處理，泡槽了，就要用級配砂石換填，這部分費用當然也是甲方承擔的。